Η Παναγιά η Γοργόνα ξεκινά την εξιστόρηση της με την Μικρασιατική Καταστροφή του ’22 και ένα κύμα προσφύγων που καταφθάνει στη Λέσβο με ψαρόβαρκες. Οι πρόσφυγες κρατούν σφιχτά το όνειρό τους για επαναπατρισμό στην Αιολική Γή, γι’αυτό αγωνίζονται ζωηρά για να δημιουργήσουν τις συνθήκες που θα τους επιτρέψουν εκ νέου το μεγαλοϊδεατικό τόλμημα. Εργάζονται με πείσμα, διατηρούν την αισιοδοξία τους και γεννούν παιδιά.
Η Σμαραγδή, κεντρικό πρόσωπο του έργου, είναι κι αυτή παιδί προσφύγων, εγκαταλλελειμένο όμως-βρέφος σε μια βάρκα, μέχρις ότου την παίρνει υπο την προστασία του ένα άτεκνο ζευγάρι ντόπιων. Αλλά δεν θα στεριώσει εκεί: η μητριά της πεθαίνει πολύ νωρίς και ο άγριος, μέθυσος πατριός, εξαχρειωμένος από το ποτό και την έλλειψη γυναικείας συντροφιάς, ασελγεί επάνω στο εφηβικό της κορμί.
Οι αλλεπάλληλες κακοτυχίες, καθιστούν το κορίτσι ένα είδος αποδιοπομπαίου τράγου στο κλειστό χωριό. Είναι στιγματισμένη, παράξενη, διαφορετική, σχεδόν μεταφυσική.
Όταν η ηρωίδα γίνεται πια μια γυναίκα με λεπτή ομορφιά και απόκοσμη γοητεία, τα τρία αγόρια της νέας της οικογένειας Μανώλης, Βατής και Στράτος την διεκδικούν. Μαζί τους και ο γιός του νονού της, Λάμπης καθώς και ο Μούργος, ένα μαλθακό αγόρι της γειτονιάς. Εκείνη όμως αποστρέφεται κάθε αρσενικό. Κι όσο εκείνη τους απορρίπτει τόσο εκείνοι δημιουργούν έναν θίασο, ένα στενό χαρέμι γύρω της.
Ο ώριμος Μανώλης της είναι ταιριαστός, για τον νεαρό Βατή νιώθει τρυφερότητα, αλλά ο τολμηρός Λάμπης είναι εκείνος που την συγκινεί ενδόμυχα, ιδίως μετά από ένα υγρό »συμβάν» στην θάλασσα.
Όμως, εν τέλει, μέσα από μια σειρά μοιραίων γεγονότων, η Σμαραγδή αναγκάζεται να παραδοθεί, θέλοντας και μη, στην δύναμη του εφηβικού της τραύματος. Απροσπέλαστη για τους ‘μνηστήρες’ επιλέγει την άρνηση.